Die Kirnitzsch durchströmt mit 28,5 Kilometer Laufstrecke innerhalb Sachsens und dem dazugehörigen Wassereinzugsgebiet einen Teil des seit 1990 bestehenden, 93 km² umfassenden, Nationalpark „Sächsischen Schweiz“. Ein Nationalpark ist der höchste Schutzstatus, der an eine Naturlandschaft vergeben werden kann.